Bezpečnosť je jednou zo základných podmienok, na ktoré treba myslieť pri návrhu IS. Prelína sa všetkými informačnými systémami (ale nie len nimi) samosprávy - musí byť súčasťou všetkých systémov vo všetkých oblastiach činnosti. Bezpečnosť IS samospráv by mala zahŕňať:
- IT bezpečnosť - sieťová bezpečnosť, pravidelné aktualizácie, antivírusové riešenia, antimalware, zálohovanie, archivácia údajov, riadenie a kontrola prístupu, ...
- fyzická bezpečnosť - okrem zabezpečenia prístupu k systému cez sieťové rozhrania je potrebné zabezpečiť aj fyzický prístup k infraštruktúre
- používatelia - školenia, oboznamovanie s postupmi, kontrola dodržiavania bezpečnostných postupov, ...